昨年秋に大黒ふ頭に客船ターミナル（ＣＩＱ建屋を含む）が完成するまでは大黒ふ頭から乗船するにはシャトルバスを利用する必要がありました。旅行会社の方は今年も同じと勘違いされているのではないでしょうか？
今年のＧＷは大黒ふ頭客船ターミナルが完成しＣＩＱをできるようになったので乗船される方はゲート係員にe-チケット等を提示すればバス・自家用車等で直接このターミナル前まで行けるようになりました。港湾管理者の横浜市が可能と言っているので間違いないと思いますよ。
http://archive.city.yokohama.lg.jp/kowan/cruise/schedule/mscdaikoku.pdf＞山下埠頭をスルーして大黒埠頭の制限エリアへ直接、受付、入場など、過去に問題なく乗れたなど、ありましたら回答ください。
昨年秋のＭＳＣスプレンディダ日本発着に乗船され大黒ふ頭に直接行かれ方しかこの経験がないと思いますので回答は期待できないかもしれませんね。昨年のＧＷにはまだ大黒ふ頭客船ターミナルは完成していませんでしたので。
旅行会社に「勘違いしていないか？」再確認されたらどうでしょうか。